Akcja gry Gene Effect odgrywa się w niezbyt odległej przyszłości. Ludzkość odkrywa kosmos korzystając z pradawnej technologii znalezionej w jednej z marsjańskich rud metalu. Dzięki technologii ludzie mają teraz możliwość odwiedzania i badania z bliska innych planet. Pewnego dnia, grupka osób zajmujących się wydobyciem na planecie Kratoss, znika bez śladu. Rozpoczyna się podręcznikowa misja ratunkowa, która bardzo szybko przeistacza się w odkrycie przerażającego sekretu, który może mieć dewastujące skutki dla całego rodzaju ludzkiego. Zbadajcie ponure jaskinie Kratossa i zażegnajcie niebezpieczeństwo czyhające na nasz gatunek.
