Super-Agenci zostali zaatakowani przez odwiecznego wroga, który wcześniej odniósł porażkę w przejęciu miasta Astor. Napędzany chęcią zemsty, Antimatter jest gotów na wszystko, aby zniszczyć doszczętnie całą agencję i wszystkich jej członków. Dzielni agenci ponownie staną przed misją niemożliwą, w której tylko Wy możecie im pomóc. Otrzymawszy dostęp do całkiem nowej technologii, klockowi bohaterowie muszą unicestwić nikczemnika i przywrócić agencji dawną świetność. W namierzeniu Antimattera pomogą im liczne wskazówki porozrzucane po całym mieście.
